第1270章 恐怖的0.68埃

3个月前 作者: 没钱又任性
    连一向稳重的周安邦都忍不住摇摇头笑了:


    “胡闹,真是越来越没有底线了。


    现在全球pdb库里攒了四十年才七万两千多个,他一天搞三万个。


    怪不得霍华德教授要气得吞培养皿。”


    梁渊听着学生们的哄笑,也是无奈地摇摇头,喝了一口茶说道:


    “现在的年轻人啊,搞科研总想着走捷径、博眼球。


    结构生物学是一门极其严谨的实验科学,没有扎实的数据支撑。


    靠计算机瞎猜出来的东西,那就是空中楼阁,害人害己。”


    “老师说得太对了!”孙浩深以为然地点点头,鼠标在屏幕上随便划拉着。


    “我刚才闲着无聊,正好把他们上传的那个开源目录列表给拉下来了。


    准备看看这帮骗子到底有多离谱……”


    孙浩一边说着,一边顺手在列表的搜索栏里。


    敲入了他们团队苦熬了三年才刚刚攻克的那个罕见病毒核心蛋白的英文缩写。


    他本来就是随手一搜。


    毕竟这个蛋白极其冷门,而且结构太复杂。


    国际上除了他们和另外两家欧美实验室在秘密攻关,根本没人去碰。


    那个野鸡骗子机构,估计连这蛋白的名字都没听过。


    然而,回车键按下去的下一秒。


    搜索结果栏里,赫然跳出了一条匹配的数据包!


    文件名、基因序列号、氨基酸长度,跟他们研究了三年的目标蛋白,一模一样!


    “咦?还真有?”孙浩愣了一下,随即乐了。


    “这骗子准备得还挺齐全啊,连咱们这个冷门蛋白的序列都爬过去了。


    来来来,师兄们,咱们一起鉴赏一下。


    看看这群民科用随机数算出来的电子垃圾长啥样,就当饭后消食了!”


    几个博士生笑嘻嘻地端着饭盒围拢在孙浩的电脑桌前。


    周安邦也好奇地走了过去,站在孙浩身后。


    数据包不大,只有几十兆。


    依托清华园千兆级别的科研专线,短短几秒钟。


    那个带着“sb”前缀的预测模型文件就被下载到了本地桌面上。


    “耗子,直接打开,再把咱们前天刚跑出来的真实电镜结构导进去。


    做个重叠比对,看看这骗子的误差能飞到几百埃之外去!”旁边一个师兄起哄道。


    在结构生物学里,“埃”是衡量原子距离的单位,一埃等于百亿分之一米。


    通常来说,计算机预测出来的结构和真实结构比对,误差能控制在五到十埃以内,就已经算是算法界烧高香了。


    至于三埃以内,那是想都不敢想的奢望。


    “得嘞,看我给它来个公开处刑!”


    孙浩嘴角挂着戏谑的笑容,左手端着满满一杯热咖啡,右手熟练地操作着鼠标。


    他先从内网共享盘里,调出了周安邦刚刚校验完的一个局部三维坐标截图作为参照。


    然后把刚刚下载的sb预测模型拖进了三维分子可视化软件里。


    屏幕上,首先出现了一个由红蓝两色线条交织而成的复杂三维网状结构。


    这是他们团队耗费三年心血、花了上千万经费才看清的真实病毒蛋白骨架。


    屏幕上显示为蓝色。


    紧接着,孙浩移动鼠标,点击了“结构重叠比对”按钮。


    代表sb预测模型的红色线条,在屏幕上快速旋转、平移。


    朝着蓝色的真实结构靠拢过去。


    办公室里所有人都抱着看笑话的心态。


    等着看红蓝两条线像两团乱麻一样完全错开的滑稽场面。


    孙浩甚至已经张开嘴,准备爆出一句嘲讽的粗口。


    一秒。


    两秒。


    软件的自动对齐完成了。


    下一秒,整个大办公室,像是被谁突然拔掉了电源插头。


    瞬间陷入了死一般的寂静。


    刚才还在嬉皮笑脸的几个博士生,脸上的笑容直接僵住了。


    站在后面的周安邦,眼睛猛地瞪得像铜铃一样大,呼吸瞬间停滞。


    电脑屏幕上,根本没有什么两团乱麻。


    代表sb预测模型的红色线条,与代表他们耗时三年测出的真实实验结果的蓝色线条。


    严丝合缝地重叠在了一起!


    无论是主链的阿尔法螺旋,还是贝塔折叠。


    甚至是那些极其微小、最难预测的氨基酸侧链的旋转角度。


    红蓝两色几乎融合成了一种诡异的紫红色!


    软件右下角的状态栏里,自动计算出的偏差数值,静静地闪烁着一行小字:


    0.68埃!


    不到一个原子的宽度!


    要知道,碳原子的直径都有大约1.5埃!


    这意味着,这个神秘机构预测出来的三维原子坐标。


    和他们用冷冻电镜实打实拍出来的真实结构,误差甚至小于半个原子的宽度!


    在生物学意义上,这不叫接近,这特么就叫一模一样!


    “啪嗒!”


    一声脆响打破了办公室里的死寂。


    孙浩左手里端着的那杯热咖啡,直接脱手砸在了键盘上。


    咖啡液瞬间溅得到处都是,顺着桌沿滴滴答答地往下流,烫得孙浩大腿生疼。


    但他却整个人死死地盯着屏幕,嘴巴张得老大,一个字都吐不出来。


    “这……这怎么可能……”


    站在后面的一个女博士捂住了嘴巴,眼珠子都快从眼眶里凸出来了。


    周安邦更是如遭雷击,猛地一把推开椅子上的孙浩。


    顾不上键盘上的咖啡渍,双手撑在桌面上。


    把脸凑到距离屏幕不到十厘米的地方,盯着那个0.68埃的数值。


    他的冷汗一下就流了下来。


    “怎么了?大呼小叫的,出什么事了?”


    坐在不远处的梁渊院士察觉到了不对劲,眉头一皱,站起身走了过来。


    “让开,我看看。”


    几个学生如同梦游一般,机械地往两边退开,让出了一条通道。


    梁渊走到电脑前,从口袋里摸出老花镜戴上,弯下腰凑到屏幕前。


    只看了一眼,这位在结构生物学界泰山崩于前而色不变的老院士,身体猛地晃了一下。


    幸好旁边的周安邦眼疾手快,一把扶住了老人的胳膊。


    梁渊根本没理会周安邦,他一把抓过沾满咖啡液的鼠标。


    他在屏幕上拖动着视角,放大,再放大,一直放大到单个氨基酸残基的级别。


    第142号色氨酸,苯环的朝向,完全一致!


    第208号半胱氨酸,二硫键的键长和扭转角,分毫不差!


    甚至连这个蛋白内部一个非常隐蔽、他们团队前天晚上才刚刚通过高分辨率密度图确认的疏水口袋。


    在这个红色的预测模型里,都清清楚楚、明明白白地摆在那里!
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